Sistem penganggaran yang diterapkan di UNS saat ini merupakan perpaduan antara sistem Anggaran Berbasis Kinerja dengan sistem anggaran tradisional, yang mana penganggaran dibatasi dengan plafon anggaran. Selain itu, belum adanya evaluasi yang mendalam atas output dan outcome dari suatu kegiatan, evaluasi dilakukan terbatas pada kesesuaian penggunaan dana (tarif) dan keterserapan anggaran. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis sistem anggaran berbasis kinerja dan merancang desain sistem anggaran berbasis kinerja. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kualitatif, lebih spesifik lagi analisis deskriptif. Hasil penelitian ini berupa prototype dari sistem penganggaran berbasis kinerja, mulai dari penyusunan Renstra, perhitungan unit cost atau dikenal di UNS dengan nama cost structure analysis (CSA), Key Performance Indicator (KPI), Anggaran, sampai dengan penilaian dari output dan outcome kegiatan yang dianggarkan. Berdasarkan penelitian, UNS sudah mulai menerapkan sistem Anggaran Berbasis Kinerja, namun belum efektif. Proses penganggaran diawali dengan perencanaan strategis yang dituangkan dalam Renstra UNS. Dengan mengacu pada Renstra UNS, setiap Fakultas dan Biro membuat Renstra masing-masing. UNS sudah memiliki sumber daya untuk dapat menerapkan ABK dengan lebih optimal, yaitu Tim Akuntansi dan Satuan Pengendalian Internal (SPI). Perhitungan unit cost, di UNS dikenal dengan nama cost structure analysis (CSA), belum digunakan sebagai salah satu dasar perencanaan dan penganggaran (RBA). Sistem perencanaan, penganggaran, pelaporan, dan pertanggungjawaban belum terintegrasi, sehingga antara laporan kinerja operasional dan laporan keuangan belum berasal dari satu kesatuan sistem terintegrasi.