Kementerian Komunikasi dan Informatika telah meluncurkan Panduan Penyusunan Rencana Induk Pengembangan EGovernment Lembaga (2003) dan Panduan Umum Tata Kelola TIK Nasional (2007) sebagai upaya untuk meningkatkan implementasi e-Government. Selain itu, mulai tahun 2012 Kementerian Komunikasi dan Informatika melakukan pemeringkatan implementasi e-Government (PeGI). Berdasarkan hasil PeGI 2015, nilai aspek perencanaan 12 dari 27 (44%) kementerian dan nilai aspek perencanaan 8 dari 20 propinsi (40%) masuk dalam kategori kurang. Arsitektur enterprise merupakan perangkat perencanaan strategis yang efektif untuk membangun keterkaitan dan peningkatan interoperabilitas instansi pemerintah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui berbagai permasalahan implementasi arsitektur enterprise di Indonesia. Pengumpulan data melalui wawancara dilakukan di 89 instansi di lingkungan 3 pemerintah kabupaten/kota di Indonesia. Berdasarkan hasil penelitian, teridentifikasi adanya 7 jenis permasalahan arsitektur informasi, 9 permasalahan arsitektur aplikasi, 10 permasalahan arsitektur infrastruktur, 22 permasalahan organisasi dan manajemen, serta 6 permasalahan pembiayaan.