Sistem informasi akuntansi (SIA) bagi Perguruan Tinggi Negeri (PTN) berstatus Badan Layanan Umum (BLU) merupakan suatu kebutuhan dan keharusan. Penelitian ini akan membahas mengenai masalah implementasi SIA BLU di Universitas Sebelas Maret (UNS). Instrumen yang digunakan mengacu pada instrumen kesuksesan sistem informasi (Model Delone dan Mclean). Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini yaitu penelitian deskriptif dan penelitian studi kasus. Penelitian ini menemukan bahwa aplikasi SIA UNS dari segi tampilan dan infrastruktur sudah cukup memadai. Baik Operator dan adiministrator menilai bahwa kualitas sistem dan kualitas pelayanan sudah agak baik, serta menyatakan puas dengan aplikasi tersebut. Pengguna informasi menilai kualitas informasi sudah baik namun menyatakan belum puas dengan SIA UNS. Aplikasi sudah dapat digunakan untuk proses pelaporan keuangan dan meningkatkan ketepatan waktu pelaporan serta telah memberikan kemudahan dalam pengelolaan kas. Proses perencanaan dan penganggaran, pengelolaan piutang, dan investasi belum dapat menggunakan SIA UNS. Kendala utama yang ditemukan, dalam implementasi SIA UNS, antara lain adalah: (a) kesulitan inheren dalam menghasilkan laporan berdasarkan SAK (basis akrual) dan SAP (basis kas) seperti yang diharuskan pada BLU. (b) proses verifikasi data dan informasi. (c) Anggapan pimpinan bahwa SIA hanya dibutuhkan untuk pemenuhan kewajiban pelaporan keuangan. (d) Kinerja dan integritas SDM terkait dalam bekerja masih kurang.